COMPATIBILIDADE DE PARÂMETROS DO CAMPO DE FORÇA GROMOS PARA LIPOPOLISSACARÍDEO COM MODELOS DE ÁGUA SPC/E, RAIO DE CORTE SIMPLES PARA TERMOS NÃO-LIGADOS E CARGAS ATÔMICAS: PROPRIEDADES ESTRUTURAIS

COMPATIBILIDADE DE PARÂMETROS DO CAMPO DE FORÇA GROMOS PARA LIPOPOLISSACARÍDEO COM MODELOS DE ÁGUA SPC/E, RAIO DE CORTE SIMPLES PARA TERMOS NÃO-LIGADOS E CARGAS ATÔMICAS: PROPRIEDADES ESTRUTURAIS

Nader, Manuela; Lima, Manoela P. M.; Santos, Denys E. S.; Soares, Thereza A.

Artigo:

Simulações computacionais, seja ao nível da representação atomístico ou coarse-grain têm contribuído singularmente para a caracterização da estrutura e dinâmica de membranas lipídicas. (KHALILI-ARAGHI et al., 2009). O método computacional de dinâmica molecular (MD) oferece uma aproximação particularmente conveniente para o estudo da dinâmica estrutural de membranas por abranger simultaneamente escalas temporal e espacial, com uma precisão dificilmente acessível a técnicas experimentais de resolução atômica. Presentemente, o sucesso (assim com as falhas) desta aproximação está associada ao contínuo desenvolvimento e refinamento de campos de força clássicos originalmente desenvolvidos para proteínas. Parâmetros atômicos para diversos fosfolipídeos constituintes das membranas citoplasmáticas estão disponíveis em campos de força populares como GROMOS, AMBER e CHARMM. A parede celular de bactérias Gram-negativas é composta por duas membranas lipídicas duplas: uma membrana interna ou citoplasmática, formada exclusivamente por fosfolipídeos e semelhante àquela em bactérias Gram-positivas, e uma membrana externa formada por uma camada fosfolipídica e uma camada lipopolissacarídica externa. As moléculas de lipopolissacarídeo (LPS) são altamente carregadas devido a presença de inúmeros grupos fosfatos e algumas carboxilas, conferindo um carácter assimétrico à superfície da membrana cujo potencial eletrostático transmembrana varia em torno de 100-200 mV.3-5 Portanto, a natureza lipopolissacarídica da membrana externa de bactérias Gram-negativas resulta em agregados moleculares e supra- moleculares significativamente mais complexos que aqueles características das membranas fosfolipídicas comumente estudadas por simulações computacionais.

Simulações computacionais, seja ao nível da representação atomístico ou coarse-grain têm contribuído singularmente para a caracterização da estrutura e dinâmica de membranas lipídicas. (KHALILI-ARAGHI et al., 2009). O método computacional de dinâmica molecular (MD) oferece uma aproximação particularmente conveniente para o estudo da dinâmica estrutural de membranas por abranger simultaneamente escalas temporal e espacial, com uma precisão dificilmente acessível a técnicas experimentais de resolução atômica. Presentemente, o sucesso (assim com as falhas) desta aproximação está associada ao contínuo desenvolvimento e refinamento de campos de força clássicos originalmente desenvolvidos para proteínas. Parâmetros atômicos para diversos fosfolipídeos constituintes das membranas citoplasmáticas estão disponíveis em campos de força populares como GROMOS, AMBER e CHARMM. A parede celular de bactérias Gram-negativas é composta por duas membranas lipídicas duplas: uma membrana interna ou citoplasmática, formada exclusivamente por fosfolipídeos e semelhante àquela em bactérias Gram-positivas, e uma membrana externa formada por uma camada fosfolipídica e uma camada lipopolissacarídica externa. As moléculas de lipopolissacarídeo (LPS) são altamente carregadas devido a presença de inúmeros grupos fosfatos e algumas carboxilas, conferindo um carácter assimétrico à superfície da membrana cujo potencial eletrostático transmembrana varia em torno de 100-200 mV.3-5 Portanto, a natureza lipopolissacarídica da membrana externa de bactérias Gram-negativas resulta em agregados moleculares e supra- moleculares significativamente mais complexos que aqueles características das membranas fosfolipídicas comumente estudadas por simulações computacionais.

Palavras-chave:

DOI: 10.5151/biofisica2019-46

Referências bibliográficas

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Como citar:

Nader, Manuela; Lima, Manoela P. M.; Santos, Denys E. S.; Soares, Thereza A.; "COMPATIBILIDADE DE PARÂMETROS DO CAMPO DE FORÇA GROMOS PARA LIPOPOLISSACARÍDEO COM MODELOS DE ÁGUA SPC/E, RAIO DE CORTE SIMPLES PARA TERMOS NÃO-LIGADOS E CARGAS ATÔMICAS: PROPRIEDADES ESTRUTURAIS", p-151-153. In: Anais do Encontro Anual da Biofísica 2019. São Paulo: Blucher, 2019.
ISSN 2526-6071, DOI 10.5151/biofisica2019-46