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Nos últimos anos, o cultivo de microalgas para produção de óleo tem sido extensivamente estudado. A capacidade de algumas espécies em acumular lipídeos com perfis de ácidos graxos de cadeias contendo de 16 a 18 carbonos as torna potencial matéria prima para a produção de biodiesel. Entretanto, a etapa de extração de lipídeos para produção convencional de óleo de microalgas envolve elevados investimentos e custo de operação. Isto porque há necessidade de rompimento celular, uma vez que as microalgas têm uma parede celular rígida, impedindo o acesso dos solventes aos lipídios acumulados dentro das células. Desta forma, a transesterificação in situ apresenta-se como alternativa interessante, utilizando o álcool tanto como reagente quanto solvente, eliminando a etapa de extração. Neste trabalho, foi proposto o estudo da reação de transesterificação in situ da biomassa da cepa Desmodesmus sp. para a produção de biodiesel. Foram avaliados os efeitos das variáveis temperatura, tempo de reação, volume de álcool e porcentagem de catalisador sobre o rendimento de ésteres metílicos de ácidos graxos. Os resultados mostraram que o parâmetro temperatura de reação é o mais significativo na obtenção de ésteres.