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Atualmente existe uma grande preocupação econômica e ambiental com relação às fontes de energia utilizadas. Antevendo a escassez e/ou a limitação do uso de combustíveis fósseis por questões ambientais, faz-se necessária uma busca por fontes de energia alternativas renováveis e sustentáveis como o bioetanol de segunda geração. Um dos gargalos do processo de bioetanol é o alto custo das enzimas utilizadas na etapa de hidrólise da biomassa. Portanto, a produção dessas enzimas (celulases e hemicelulases) a baixo custo é ainda um desafio no desenvolvimento de um processo sustentável para a produção de etanol 2G. No presente trabalho são apresentados os resultados referentes à influência do pH e a concentração inicial de esporos (Ce) na morfologia do fungo filamentoso Aspergillus niger e consequentemente na produção de endoglucanase. Os ensaios foram realizados em Erlenmeyers de 500 mL em duas etapas: a primeira de crescimento do inóculo fixado em 48 h e a segunda etapa de produção de 72 h, utilizando lactose como indutor. Na etapa de inóculo realizaram-se ensaios referentes à condição experimental de um planejamento fatorial 22, onde as variáveis independentes pH e Ce variaram, respectivamente, de 2.0 a 6,0 e de 5x103 a 5x107 na etapa de inóculo. Com isso foram obtidas diferentes morfologias, desde grandes pellets até a morfologia dispersa. O maior valor de atividade de endoglucanase obtida foi 1159,3±95,1 UI/L, onde a morfologia apresentou-se como pellets de diâmetro médio de 3,04 mm.